Celem działania europejskiej sieci obszarów chronionych Natura 2000 jest powstrzymanie wymierania zagrożonych roślin i zwierząt oraz ochrona różnorodności biologicznej na terenie Europy. Do wdrożenia sieci zobowiązane są wszystkie kraje Wspólnoty.

W Polsce większość obszarów "naturowych" powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenie Nadleśnictwa Nurzec znajduje się sześć obszarów Natura 2000. Cztery z nich utworzono na podstawie Dyrektywy Siedliskowej, chroniące siedliska przyrodnicze oraz gatunki roślin i  zwierząt, pozostałe dwa obszary utworzono na podstawie Dyrektywy Ptasiej - wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków.

Obszary Specjalnej Ochrony Siedlisk (SOO):

• Schrony Brzeskiego Rejonu Umocnionego - PLH200014

Obszar powołano w celu ochrony miejsc zimowania „naturowego" gatunku nietoperza - mopka Barbastella barbastellus. Według dostępnych danych kolonia tam zimująca i licząca ponad 400 osobników, oceniana jest na drugą co do wielkości na Podlasiu. W Europie mopek ma status gatunku wymierającego.

• Ostoja w Dolinie Górnego Nurca - PLH200021

Obszar powołany w celu ochrony miejsc bytowania i rozrodu ptaków związanych z siedliskami podmokłych łąk w dolinie rzeki Nurzec przy zachowaniu ekstensywnej gospodarki rolnej.

• Ostoja Nadbużańska - PLH140011

Jest to jeden z najważniejszych obszarów dla ochrony ichtiofauny (ryb) w Polsce. Obejmuje ona 10 gatunków ryb z II Załącznika Dyrektywy Rady 92/43/EWG, z koza złotawą i kiełbiem białopłetwym. Dodatkowo stanowi znaczny korytarz migracyjny ptactwa wodnego i innych zwierząt.

• Murawy w Mielniku PLH200027

Najnowszy obszar - zatwierdzony decyzją KE w 2024r. Przedmiotem ochrony w obszarze jest siedlisko 6210 – murawy kserotermiczne. Obszar składa się z 5 enklaw. Dwie enklawy pokrywają się z obszarem innych form ochrony przyrody, tj. „Góra Uszeście” – rezerwat przyrody, którego celem jest ochrona wielu rzadkich gatunków roślin kserotermicznych oraz „Głogi” – zespół przyrodniczo-krajobrazowy stworzony w celu ochrony fragmentu krawędzi przełomowej doliny Bugu, charakteryzującej się bogatą rzeźbą terenu, rzadką roślinnością kserotermiczną i wysokimi walorami krajobrazowymi.

Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO):

• Dolina Górnego Nurca - PLB200004\Powołany celem ochrony populacji różnych gatunków ptaków związanych z doliną rzeki Nurzec w tym jednej z największych populacji bociana białego.
• Dolina Dolnego Bugu - PLB140001

Powołany celem ochrony ptaków i ich korytarzy migracyjnych w dolinie rzeki Bug.